وظایف محوله به دبیرخانه (بر اساس آیین‌نامه مصوب)

•         مطالعات آمایش ملی و مطالعات بین المللی

•         بررسی طرح‌های اجرایی مناطق

•         بررسی اساسنامه، ضوابط و مقررات عمومی ناظر بر مناطق ویژه

•         پیشنهاد مسئولیت‌های اجرایی وزارتخانه‌ها و دستگاه‌ها

•         پیشنهاد اعطای تسهیلات و معافیت‌های لازم  

•         پیشنهاد منابع مالی مورد نیاز توسعه مناطق

•         راه اندازی منطقه ویژه اصفهان و ارزیابی چالشهای فرارو

عناوین فعالیت‌های انجام شده توسط دبیرخانه

•         تولید محتوا: چاپ کتاب با عنوان "معرفی مناطق نوآوری- مطالعه موردی: منطقه کلمبوس)

•         ارزیابی عملکرد مناطق ویژه علم و فناوری

·         برگزاری نشست‌های ادواری با نمایندگان استان‌های دارای مجوز

·         انجام بازدیدهای استانی

•         فراهم سازی زیرساخت‌های سازمانی

·         مشخص کردن اعضای هیات اجرایی استانها (بر اساس آیین‌نامه) و صدور احکام مربوطه

·         تدوین و تصویب آیین کار کمیته راهبری

·         تشکیل کمیته راهبری (بر اساس آیین‌نامه) و صدور احکام اعضا  

·         تدوین و تصویب اساس نامه سازمان عامل استقرار و توسعۀ مناطق ویژه (بر اساس آیین نامه)

•         هماهنگی و همراستاسازی فعالیت‌های مناطق ویژه و ذی نفعان؛ برگزاری جلسات مستمر با ذی نفعان از جمله

·         وزارت راه و شهر سازی

·         معاونت علمی ریاست جمهوری

·         وزارت بهداشت

·         شرکت شهرکهای صنعتی و صنایع کوچک

·         دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد

·         اتاق بازرگانی ایران و تهران

·         صندوق نوآوری و شکوفایی

•         فراهم سازی زیر ساختهای قانونی جهت توسعه مناطق ویژه

·         تصویب حداقل‌های مورد نیاز استان‌ها برای اخذ مجوز مناطق ویژه

·         پیشنهاد اصلاح آیین نامه نحوه تاسیس و توسعه مناطق ویژه

·         پیشنهاد اصلاح قانون حمایت از شرکتهای دانش بنیان

·         پیشنهاد ایجاد ردیف مستقل در بودجه سنواتی برای هریک از مناطق

عناوین فعالیت‌های جاری و آتی دبیرخانه

•         آیین نامه مکان یابی و استقرار مناطق ویژه علم و فناوری با همکاری شورایعالی شهرسازی و معماری (که در آن کاربری های مورد نیاز در منطقه و ضوابط استقرار آنها مطرح میشوند)

•         شاخصهای ارزیابی علمی و اقتصادی استانها (که این موضوع پشتوانه حمایتهای مالی دبیرخانه از استانها خواهد بود)

•         مصوبات و تفاهم نامه های مربوه برای تضمین و اجرایی سازی بندهای مشوقها (این مشوق ها در بلوکهای شش گانه به شرح زیر تعریف شده اند: قوانین اشتغال و نیروی انسانی، معافیتهای مالیاتی و سرمایه گذاری خارجی، اعتبارات مالیاتی، وام و تسهیلات و حمایت از فعالیتهای توسعه ای بخش خصوصی)

•         شیوه نامۀ اعطای نشان به شرکتها و مؤسسات مستقر در منطقۀ ویژه (که این نشان، امکان بهره برداری از مشوقهای مصوب را به این شرکتها و مؤسسات خواهد داد)